Systém ISAK umožňuje vedení více pokladen se samostatnými číselnými řadami, a to i v různých měnách. Číselné řady pokladen se nastavují v části [[nastaveni|Nastavení systému]].
S výjimkou některých nastavení výchozí pokladny, může uživatel upravovat všechna nastavení pokladen, zejména volit jejich názvy, měnu pokladen, prefix (uvozující alfanumerické označení dokladů z pokladen), čísla pokladních příjmových a výdajových dokladů pokladen, rok číselné řady dokladů, počet řádů, na které budou čísla pokladen doplňována a v neposlední řadě osobu odpovědnou za pokladnu.
Novou pokladnu může uživatel přidat kliknutím na Přidat číselník, systému mu nabídne volbu názvu pokladny, po jejím vyplnění a uložení je možné doplnit další volby pokladny.
Osoba, která má právo spravovat uživatele, nastavuje práva přístupu k jednotlivým pokladnám ve [[sprava-uzivatelu|Správě uživatelů]].
Po kliknutí na uživatele, u kterého má uživatel v úmyslu nastavit práva k pokladnám, může ve [[sprava-uzivatelu|Správě uživatelů]] v části [[pokladna|Pokladny]] uživateli přiřazovat dostupné pokladny.
Při pořizování dokladů do pokladny pak uživatel volí, se kterou pokladnou chce pracovat zvolením pokladny z výběrového pole a kliknutím na Změnit. Dále pracuje se zvolenou pokladnou běžným způsobem.