Agenda Faktury nabízí možnost vystavovat faktury. Systém umožňuje fakturovat buď Po jednotlivých klientech nebo Fakturovat vše bez rozlišení klienta, kdy nabídne vše co je aktuálně připraveno k fakturaci bez rozlišení klienta. V systému je možné vytvářet běžné i zálohové faktury a dále faktury v cizích měnách. Systém ISAK také umožňuje evidovat ve zjednodušené formě došlé faktury.

V části Fakturace – (Faktury, Faktury zahraniční, Faktury zálohové) je možné záznamy filtrovat podle čísla faktury (Číslo fa), nebo začátku čísla faktury. Systém si zapamatuje uživatelské nastavení těchto polí filtru (číslo fa, suffix).