Při práci s dokumenty je možné vytvářet si vlastní adresáře v rámci spisu, do kterých budou ukládány dokumenty. Vpravo od názvu dané složky se zobrazuje číslo označující počet dokumentů v této složce.

Složka Došlá pošta je systémem ISAK vytvořena implicitně a jsou do ní automaticky ukládány všechny dokumenty, které byly přiloženy k došlé poště a přiřazeny danému spisu.

Složka Odesl. pošta je systémem ISAK vytvořena implicitně a jsou do ní automaticky ukládány všechny dokumenty, které byly přiloženy k došlé poště a přiřazeny danému spisu.

Složka Listiny je systémem ISAK vytvořena implicitně, pokud si uživatel nevytvoří, nebo nemá oprávnění vytvářet si vlastní složky, jsou do ní automaticky ukládány všechny dokumenty vložené do systému ISAK k danému spisu.

Uživatelé, kterým administrátor udělil ve Správě uživatelů právo spravovat složky dokumentů, mají možnost spravovat strom složek v agendách dokumentů vycházejících ze složky Listiny.

Po kliknutí na Správu složky lze tvořit nové podsložky k právě vybrané složce, dále je možné tuto složku přejmenovat, nebo odstranit.